ニンジャタワーには、魔法のタワーと共通のタワーエネルギーを使用します。

• 1日に10エネルギーを自動的に獲得しますが、翌日への持ち越しはできません。
• ニンジャタワー各階のプレイには1エネルギーが必要なため、ノーマルと超難関合計50階をすべてをクリアするためには50タワーエネルギーが必要になります。10エネルギーx5日間=50エネルギーまでは得られるので、すべて1回で倒せれば全ステージクリアが可能です。追加でエネルギーが必要になった場合は、別途提供されるエネルギーフラスコをジェムで購入する必要があります。

• ジェムで購入できるタワー用のエネルギーフラスコを使用すると5エネルギー復活させることができます。

• ノーマルフロア：25階
• 超難関フロア：25階
  • ニンジャタワーデビュー時：50+50=100階
  • ニンジャタワー回収時：25+50=75階
  • ニンジャタワー新：25+25=50階
• 2023年の改修でフロアは合計50階へ短縮。ステュクスタワー同様の回数になっています。基本のクエストとしては25階までで終了できますので、無理に超難関フロアをクリアする必要はありません。
• 各階のウェーブ数（最後にウェーブにボス出現）
  • ノーマル：2～4ウェーブ
  • 超難関：4～5ウェーブ
• 各フロアに入る前にボスを事前に確認することができます。
• 一度クリアした階は完了となり再プレイはできません。

• 鬼ストーンと呼ばれる特殊な盾がランダムに英雄1人をターゲットにした状態で盤面に出現。これを3ターン以内に消さないとその英雄が呪いに掛かります。
• 同じ英雄が累積で2回呪いに掛かると以降のステージへ参加ができなくなります。
• 鬼ストーンが有効なターンの途中でステージがクリアされた場合は呪いが解けます。
• コスチュームを持っている英雄の場合、本体とコスチュームへの呪いは別々にカウントされます。（例えばリガルドが2回呪いを受けて退場となっていてもリガルド-コスは使用できる）

• 各階のステージにはチャレンジイベントと同様のタイマーが表示されていますが、スコアの計算はチャレンジイベントと同等に行われているようです。
• ニンジャタワー内にもリーダーボードが存在しますが、最も高い階数と合計スコアが両方表示されます。
  • 従来のニンジャタワーとの違いとして、ノーマル25階までをクリアした時点でイベントがクリア表示になることです。
  • 残りの超難関50階をクリアすることでスコアを上げることができます。

以下の内容は改修前のものです。イベントがリリースされるまで実際の内容は不明ですが、恩恵を取得する順序によって選択肢がくレイヤーごとに変化していきます。

• 恩恵は英雄への永続的なバフや能力追加。タワーイベント終了までステージに参加するすべての英雄に付加されます。
• 恩恵の入手はステージを2階クリアするごとに3つの選択肢がオファーとして表示され、そのうち1つを選べます。
• オファーの3回に1回は「レア」タイプの恩恵を受けられます。例えばノーマルででは6階クリアするごとにレア恩恵を受け取れます。
• 標準（シルバーアイコン）の恩恵は4回まで、レア恩恵（ゴールドアイコン）は2回まで取得することができて、同じものを複数回取得すると効果が積み上げられます。
• 上限となった恩恵は選択肢に含まれなくなるので、どの恩恵を選択したかによって表示される選択肢がプレイヤーごとに異なります。ノーマルフロアでは一部しか上限に到達しないので表示されるオファーの順番は大体以下のようになります。

従来からある「致死のチェンバー」に加えて、超難関フロアには「死の部屋」と呼ばれる障害が導入されました。

致死のチェンバー：

• 毒の霧 – {x)ターンごとに{x}ダメージを英雄に与える
• 脆弱なフロア：持ち込めるバトルアイテムの数が{x}個減る。最低1個～
• 奇矯な時間 – 英雄のキャストした全てのステータス効果のターン数が{x}ターン短くなる。最低1ターン～

{x}数値は階層が上がればより大きくなる

死の部屋：

• 強固な意志
  • すべてのボスが33%の確率でマナに影響するステータス異常をブロック、特殊スキルの効果を無効にします。
• エレメントレジスタンス
  • 複数の同属性の英雄が攻撃チームにいる場合、敵の受けるダメージ軽減されます。（同属性1人につき-10%）
• 揺るぎなき防御
  • 敵の防御力を低下させるステータス異常の効果が-50%減少します。
• 絶対変化
  • 敵が特殊スキルまたはバトルアイテムを使用した攻撃を受けるごとにダメージが減少します。この効果は次の攻撃ターンに入るとリセットされます。
  • 絶対変化の減衰量
  • 特殊スキル/バトルアイテム 使用回数	ダメージ軽減
    1	1%
    2	4%
    3	9%
    4	16%
    5	25%
    6	36%
    7	49%
    8	64%
    9	81%
    10回以上	100%（1ダメ）

死の部屋はレベル1～3までがあり、各段階で含まれる要素が増えていきます。

• レベル１：強固な意思＋揺るぎなき防御
• レベル２：強固な意思＋揺るぎなき防御＋エレメントレジスタンス
• レベル３：強固な意思＋揺るぎなき防御＋エレメントレジスタンス＋絶対変化

超難関フロアでは、「致死のチェンバー」と「死の部屋」の障害が同時に発生します。

マップステージと同様に、戦闘を開始する前にボスを含む敵の組み合わせ、致死のチェンバーの内容などを知ることができます。